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Cuando se baja la actualización creo que te pregunta el juego si quieres aplicar los cambios en las plantillas, que lo que hayas cambiado por tu cuenta se perderá. Te da la opción de hacerlo cuando quieras desde Editar.
Yo actualicé, pero como entro en la Máster sin mirar más, pues no sé qué ha destrozado.
Creo que lo normal es que haya que meter los equipos de nuevo (por las plantillas).
Puede haber pequeños errores de jugadores concretos porque el juego, con la actualización, ya no los deje meter, por eso algunos de la versión anterior irán bien y otros habría que retocarlos un poco.
Y para meter nuevos equipos, con que importes de manera normal sobre un equipo concreto (editado o no) ya estaría (ojo con los escudos y el límite que tienen). No tendrías por qué borrarlo antes, con ponerlo por encima debería llegar.
Si lo quisieras borrar, desde el juego, con entrar en Editar y poner el equipo Por Defecto, ya estaría.
Eso sí, como siempre, para importar, sólo puedes meter 20 de cada vez desde el menú de PS3 y ahí sí que tienes que ir borrando los que ya has metido si quieres meter más, pero vamos, que ahí ya no hacen nada, los borres o no, una vez importados, no afecta al juego.
Espero que esto te sirva de algo.